Weghorst llegó en agosto de 2024 procedente del Burnley FC inglés. En su primera temporada bajo las órdenes de Francesco Farioli, el delantero disputó 24 partidos de la Eredivisie, cinco de la UEFA Europa League y dos de la copa. En la competición neerlandesa marcó diez goles en su temporada de debut, convirtiéndose en el máximo goleador del Ajax. En competición europea anotó un gol esa temporada: como visitante ante el Qarabağ FK.
Durante la pasada temporada disputó 34 partidos: 27 de la VriendenLoterij Eredivisie, cinco de la UEFA Champions League y dos encuentros de los play-offs por el fútbol europeo. En total marcó nueve goles.
Tras dos temporadas vistiendo de blanco, rojo y blanco, Weghorst cierra su etapa en el Ajax con 65 partidos oficiales con el Ajax 1. En ellos marcó veinte goles y dio seis asistencias.
