Neres llegó del Sao Paulo FC en la pausa de invierno de la temporada 2016/2017. El 26 de febrero de 2017 debutó con la primera plantilla en el partido entre el Ajax y el Heracles: 4-1. Neres ha jugado un total de 180 partidos oficiales con el primer equipo del Ajax y ha marcado 47 tantos.
Neres ha conseguido dos dobletes con el Ajax, ganando la liga neerlandesa y la copa en 2019 y 2021. En 2019, también levantó la Supercopa Johan Cruijff.